A estrutura administrativa encontra-se na Lei n° 058/2019:

 A Secretaria terá a seguinte estrutura funcional:
Gabinete da Secretaria;
Gabinete da Secretaria Adjunta;
Secretaria Administrativa;
Comissão Central de Licitações e Contratos – CCLC:
Presidência;
Pregoaria
Divisão de Planejamento de Licitações Públicas;
Divisão de Elaboração e Padronização de Termos de Referência de Produtos/Serviços Comuns;
Divisão de Gerenciamento de Atas de Registros de Preços, Adesões e Caronas;
Divisão de Análise e Controle Processual;
Divisão de Acompanhamento Eletrônico de Contratações Públicas.
Divisão de cadastramento de fornecedores/prestadores de serviços.
Departamento de Compras e Suprimentos:
Divisão de Compras;
Divisão de Suprimentos e Logística.
Departamento de Gestão de Pessoas:
Divisão de Administração de Pessoal;
Divisão de Assistência ao Servidor.
Departamento de Administração:
Divisão de Controle Patrimonial e Serviços Gerais;
Divisão de Fiscalização de Bens Públicos;
Divisão de Fiscalização de Uso de Bens Públicos por Particular;
Divisão de Tecnologia da Informação;
Divisão de Protocolo Geral.
Departamento de Receita Fiscal e Fiscalização Tributária:
Divisão de Fiscalização e Arrecadação.
Divisão de Cadastro Fiscal;
Divisão de Atendimento aos Contribuintes.
Departamento Contábil
Divisão Contábil.
Departamento de Planejamento Estratégico e Projetos de Arrecadação Fiscal:
Divisão de Planejamento Fiscal;
Divisão de Projetos de Arrecadação Fiscal;
Divisão de Programas Fiscais.
Departamento de Orçamento e Gestão:
Divisão de Orçamento e Gestão.